PlantPromoterDB promoter information of AT3G25040.1

Summary of Gene (AT3G25040.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G25040 TAIR NCBI
Gene model	AT3G25040.1
Description	ER lumen protein retaining receptor, putative / HDEL receptor, putative; FUNCTIONS IN: ER retention sequence binding, receptor activity; INVOLVED IN: protein retention in ER lumen, protein transport; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ER lumen protein retaining receptor (InterPro:IPR000133); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ERD2 (ENDOPLASMIC RETICULUM RETENTION DEFECTIVE 2); KDEL sequence binding / receptor (TAIR:AT1G29330.1); Has 642 Blast hits to 641 proteins in 167 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 271; Fungi - 121; Plants - 119; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 131 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 9123479-9124678)

`Genome position from initiation codon` `AT3G25030.1 AT3G25030.2 TSS from cDNA TSS information AT3G25040.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G25040.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 9124338 -141

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	9124338	-141

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 9124349 -130

TSS clone A clone + 9124352 -127

TSS clone A clone + 9124449 -30

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	9124349	-130
TSS clone	`A`	clone	+	9124352	-127
TSS clone	`A`	clone	+	9124449	-30

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAAACCG + 9124201 9124208 -278 -271

AtREG550 CCAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATCCGGTT + 9124215 9124222 -264 -257

AtREG561 ATCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AGCCCAAAACTAGGCCCATAA + 9124227 9124247 -252 -232

AtREG469 AGCCCAAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529 GCCCAAAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG475          CTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358           TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354            AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364             GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394              GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATGGGCTTG + 9124257 9124265 -222 -214

AtREG378 ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525 TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAAACCG`		+	9124201	9124208	-278	-271
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ATCCGGTT`		+	9124215	9124222	-264	-257
	AtREG561	`ATCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AGCCCAAAACTAGGCCCATAA`		+	9124227	9124247	-252	-232
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG475	`CTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATGGGCTTG`		+	9124257	9124265	-222	-214
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None