PlantPromoterDB promoter information of AT3G25290

Summary of Gene (AT3G25290)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G25290 TAIR NCBI
Gene model	AT3G25290
Description	auxin-responsive family protein; INVOLVED IN: multicellular organismal development; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised conserved protein UCP037471 (InterPro:IPR017214), Protein of unknown function DUF568, DOMON-like (InterPro:IPR007613), DOMON related (InterPro:IPR005018), Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane (InterPro:IPR006593); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin-responsive protein, putative (TAIR:AT4G12980.1); Has 386 Blast hits to 386 proteins in 66 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 51; Fungi - 67; Plants - 253; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 9207955-9209154)

`Genome position from initiation codon` `AT3G25280.1 AT3G25290.1 AT3G25290.2 TSS from cDNA TSS information AT3G25290 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G25290

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 15 + 9208940 -15

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	15	+	9208940	-15

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 9208937 -18

TSS clone C clone + 9208941 -14

TSS clone A clone + 9208942 -13

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	9208937	-18
TSS clone	`C`	clone	+	9208941	-14
TSS clone	`A`	clone	+	9208942	-13

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCTTCTTCC + 9208958 9208972 3 17

Y Patch TCTCTCTCT + 9208980 9208988 25 33

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCTTCTTCC`	+	9208958	9208972	3	17
Y Patch	`TCTCTCTCT`	+	9208980	9208988	25	33
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAAAACG + 9208732 9208739 -223 -216

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAACCGAA + 9208825 9208832 -130 -123

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAAAACG`		+	9208732	9208739	-223	-216
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAACCGAA`		+	9208825	9208832	-130	-123
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None