PlantPromoterDB promoter information of AT3G25800.2

Summary of Gene (AT3G25800.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G25800 TAIR NCBI
Gene model	AT3G25800.2
Description	one of three genes encoding the protein phosphatase 2A regulatory subunit

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 9426783-9425584)

`Genome position from initiation codon` `AT3G25800.1 AT3G25805.1 TSS from cDNA TSS information AT3G25800.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G25800.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 9426049 -266

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	9426049	-266

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 9426044 -261

TSS clone T clone - 9426008 -225

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	9426044	-261
TSS clone	`T`	clone	-	9426008	-225

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGGGTAT - 9426089 9426096 -306 -313

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TGGGCCAAAAGGCCCGTTAAAGCCCATTTA - 9426099 9426128 -316 -345

AtREG484 TGGGCCAA                       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG459       AAAAGGCC                 PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359        AAAGGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG429          AGGCCCGT              PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

AtREG401           GGCCCGTT             PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

AtREG399            GCCCGTTA            PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG610              CCGTTAAA          PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG545                 TTAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365                  TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376                   AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378                    AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372                     AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386                      GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443                       CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGGGTAT`		-	9426089	9426096	-306	-313
	AtREG623	`AAGGGTAT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`TGGGCCAAAAGGCCCGTTAAAGCCCATTTA`		-	9426099	9426128	-316	-345
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG429	`AGGCCCGT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG401	`GGCCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG399	`GCCCGTTA`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG610	`CCGTTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None