PlantPromoterDB promoter information of AT3G25870.1

Summary of Gene (AT3G25870.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G25870 TAIR NCBI
Gene model	AT3G25870.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G13360.1); Has 19 Blast hits to 19 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 19; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 9465177-9463978)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G25870.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G25870.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 9464304 -127

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	9464304	-127

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 9464268 -91

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	9464268	-91

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTTCC - 9464275 9464283 -98 -106

Y Patch TCTTCTCTCC - 9464305 9464314 -128 -137

Y Patch CTTCTCTT - 9464319 9464326 -142 -149

Y Patch TCTCTTTC - 9464347 9464354 -170 -177

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTTCC`	-	9464275	9464283	-98	-106
Y Patch	`TCTTCTCTCC`	-	9464305	9464314	-128	-137
Y Patch	`CTTCTCTT`	-	9464319	9464326	-142	-149
Y Patch	`TCTCTTTC`	-	9464347	9464354	-170	-177
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACACGCGCC - 9464382 9464390 -205 -213

AtREG385 ACACGCGC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

AtREG486 CACGCGCC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG GCCCAAAC - 9464401 9464408 -224 -231

AtREG474 GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAACGACA - 9464497 9464505 -320 -328

AtREG520 AAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACACGCGCC`		-	9464382	9464390	-205	-213
	AtREG385	`ACACGCGC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif	`ACACNNG`
	AtREG486	`CACGCGCC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`GCCCAAAC`		-	9464401	9464408	-224	-231
	AtREG474	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAACGACA`		-	9464497	9464505	-320	-328
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None