PlantPromoterDB promoter information of AT3G26420.1

Summary of Gene (AT3G26420.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G26420 TAIR NCBI
Gene model	AT3G26420.1
Description	Zinc finger-containing glycine-rich RNA-binding protein. Cold-inducible. Contributes to the enhancement of freezing tolerance.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 9670953-9672152)

`Genome position from initiation codon` `AT3G26430.1 TSS from cDNA TSS information AT3G26420.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G26410.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G26420.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 26 + 9671517 -436

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	26	+	9671517	-436

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 9671513 -440

TSS clone G clone + 9671517 -436

TSS clone T clone + 9671518 -435

TSS clone T clone + 9671522 -431

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	9671513	-440
TSS clone	`G`	clone	+	9671517	-436
TSS clone	`T`	clone	+	9671518	-435
TSS clone	`T`	clone	+	9671522	-431

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCCTCTTCTC + 9671544 9671557 -409 -396

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCCTCTTCTC`	+	9671544	9671557	-409	-396
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CATGGGCCCAATAAAGCCCATTTA + 9671404 9671427 -549 -526

AtREG504 CATGGGCC                 PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391 ATGGGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422   TGGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392    GGGCCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352     GGCCCAAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355      GCCCAATA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417       CCCAATAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601           ATAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365            TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376             AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378              AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372               AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386                GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443                 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCAGGCCCAC + 9671429 9671438 -524 -515

AtREG374 TCAGGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482   AGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AAATGACG + 9671447 9671454 -506 -499

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CATGGGCCCAATAAAGCCCATTTA`		+	9671404	9671427	-549	-526
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCAGGCCCAC`		+	9671429	9671438	-524	-515
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`AGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`AAATGACG`		+	9671447	9671454	-506	-499
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 9671296 AT3G26410.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	9671296	AT3G26410.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 9671348 AT3G26410.1

TSS clone G clone - 9671318 AT3G26410.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	9671348	AT3G26410.1
TSS clone	`G`	clone	-	9671318	AT3G26410.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCTTTCTC - 9671328 9671340 AT3G26410.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCTTTCTC`	-	9671328	9671340	AT3G26410.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAATGGGCTTTATTGGGCCCATG - 9671404 9671427 AT3G26410.1

AtREG443 TAAATGGG                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601       GGCTTTAT           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417           TTATTGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355            TATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352             ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392              TTGGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422               TGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391                GGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504                 GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GTGGGCCTGA - 9671429 9671438 AT3G26410.1

AtREG482 GTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370 TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374   GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG CGTCATTT - 9671447 9671454 AT3G26410.1

AtREG657 CGTCATTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AAACGACGC - 9671491 9671499 AT3G26410.1

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG439 AACGACGC PPDB Motif PLACE Motif