PlantPromoterDB promoter information of AT3G27210

Summary of Gene (AT3G27210)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G27210 TAIR NCBI
Gene model	AT3G27210
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G40860.1); Has 132 Blast hits to 70 proteins in 18 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 65; Fungi - 6; Plants - 38; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 17 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 10048222-10047023)

`Genome position from initiation codon` `AT3G27210.1 TSS from cDNA TSS information AT3G27210 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G27210

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 20 - 10047341 -119

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	20	-	10047341	-119

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 10047340 -118

TSS clone C clone - 10047318 -96

TSS clone T clone - 10047310 -88

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	10047340	-118
TSS clone	`C`	clone	-	10047318	-96
TSS clone	`T`	clone	-	10047310	-88

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTCTC - 10047324 10047333 -102 -111

Y Patch CTTCTCTTTCTCC - 10047379 10047391 -157 -169

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTCTC`	-	10047324	10047333	-102	-111
Y Patch	`CTTCTCTTTCTCC`	-	10047379	10047391	-157	-169
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGACC - 10047394 10047401 -172 -179

AtREG406 GTGGGACC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG ACGACACC - 10047446 10047453 -224 -231

AtREG599 ACGACACC PPDB Motif PLACE Motif

REG CTACGTGGAT - 10047469 10047478 -247 -256

AtREG495 CTACGTGG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG547   ACGTGGAT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GTGCCACGTGACA - 10047526 10047538 -304 -316

AtREG444 GTGCCACG      PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG583     CACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG606      ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTGAACCGGAT - 10047622 10047632 -400 -410

AtREG640 TTGAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 TGAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579   GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGACC`		-	10047394	10047401	-172	-179
	AtREG406	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`ACGACACC`		-	10047446	10047453	-224	-231
	AtREG599	`ACGACACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTACGTGGAT`		-	10047469	10047478	-247	-256
	AtREG495	`CTACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG547	`ACGTGGAT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`GTGCCACGTGACA`		-	10047526	10047538	-304	-316
	AtREG444	`GTGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG379	`TGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG367	`GCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG583	`CACGTGAC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG606	`ACGTGACA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TTGAACCGGAT`		-	10047622	10047632	-400	-410
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`TGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`GAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG561	`AACCGGAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None