PlantPromoterDB promoter information of AT3G27300.1

Summary of Gene (AT3G27300.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G27300 TAIR NCBI
Gene model	AT3G27300.1
Description	glucose-6-phosphate dehydrogenase 5 (G6PD5); FUNCTIONS IN: glucose-6-phosphate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, pentose-phosphate shunt, oxidative branch, glucose metabolic process; LOCATED IN: cytosol, chloroplast; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD(P)-binding (InterPro:IPR016040), Glucose-6-phosphate dehydrogenase (InterPro:IPR001282); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: G6PD6 (GLUCOSE-6-PHOSPHATE DEHYDROGENASE 6); glucose-6-phosphate dehydrogenase (TAIR:AT5G40760.1); Has 5512 Blast hits to 5496 proteins in 1288 species: Archae - 0; Bacteria - 3299; Metazoa - 673; Fungi - 121; Plants - 283; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1134 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 10087288-10086089)

`Genome position from initiation codon` `AT3G27300.2 AT3G27300.3 AT3G27310.1 TSS from cDNA TSS information AT3G27300.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G27300.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 10086665 -377

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	10086665	-377

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 10086653 -365

TSS clone T clone - 10086652 -364

TSS clone A clone - 10086638 -350

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	10086653	-365
TSS clone	`T`	clone	-	10086652	-364
TSS clone	`A`	clone	-	10086638	-350

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTAATTA - 10086758 10086765 -470 -477

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTAATGG - 10086771 10086778 -483 -490

AtREG604 CTTAATGG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG TTGACTTT - 10086851 10086858 -563 -570

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTATTGGG - 10086887 10086894 -599 -606

AtREG417 TTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAACGGT - 10086920 10086927 -632 -639

AtREG603 CTAACGGT PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TGTTGGGC - 10086937 10086944 -649 -656

AtREG543 TGTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTAATTA`		-	10086758	10086765	-470	-477
	AtREG646	`CGTAATTA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTTAATGG`		-	10086771	10086778	-483	-490
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TTGACTTT`		-	10086851	10086858	-563	-570
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TTATTGGG`		-	10086887	10086894	-599	-606
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTAACGGT`		-	10086920	10086927	-632	-639
	AtREG603	`CTAACGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`TGTTGGGC`		-	10086937	10086944	-649	-656
	AtREG543	`TGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None