PlantPromoterDB promoter information of AT3G27690

Summary of Gene (AT3G27690)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G27690 TAIR NCBI
Gene model	AT3G27690
Description	Encodes Lhcb2.4. Belongs to the Lhc super-gene family encodes the light-harvesting chlorophyll a/b-binding (LHC) proteins that constitute the antenna system of the photosynthetic apparatus.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 10255002-10256201)

`Genome position from initiation codon` `AT3G27690.1 TSS from cDNA TSS information AT3G27690 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G27680.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G27690

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 149 + 10255953 -49

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	149	+	10255953	-49

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 10255949 -53

TSS clone T clone + 10255951 -51

TSS clone A clone + 10255953 -49

TSS clone T clone + 10255954 -48

TSS clone A clone + 10255959 -43

TSS clone C clone + 10255960 -42

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	10255949	-53
TSS clone	`T`	clone	+	10255951	-51
TSS clone	`A`	clone	+	10255953	-49
TSS clone	`T`	clone	+	10255954	-48
TSS clone	`A`	clone	+	10255959	-43
TSS clone	`C`	clone	+	10255960	-42

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ACTATATAAAC + 10255917 10255927 -85 -75

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ACTATATAAAC`	+	10255917	10255927	-85	-75
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATTGCCAC + 10255677 10255684 -325 -318

AtREG654 ATTGCCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG CCAATAAG + 10255689 10255696 -313 -306

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGTGGAC + 10255745 10255752 -257 -250

AtREG513 ACGTGGAC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CTGCCACG + 10255761 10255768 -241 -234

AtREG468 CTGCCACG ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TACACGTGA + 10255816 10255824 -186 -178

AtREG453 TACACGTG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG628 ACACGTGA DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG GCTGACGTGTCT + 10255865 10255876 -137 -126

AtREG515 GCTGACGT     SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG440 CTGACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   TGACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG481    GACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG470     ACGTGTCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATTGCCAC`		+	10255677	10255684	-325	-318
	AtREG654	`ATTGCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`CCAATAAG`		+	10255689	10255696	-313	-306
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGTGGAC`		+	10255745	10255752	-257	-250
	AtREG513	`ACGTGGAC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CTGCCACG`		+	10255761	10255768	-241	-234
	AtREG468	`CTGCCACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`TACACGTGA`		+	10255816	10255824	-186	-178
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG628	`ACACGTGA`	DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
REG	`GCTGACGTGTCT`		+	10255865	10255876	-137	-126
	AtREG515	`GCTGACGT`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG440	`CTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG517	`TGACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG481	`GACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG470	`ACGTGTCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None