PlantPromoterDB promoter information of AT3G43520.1

Summary of Gene (AT3G43520.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G43520 TAIR NCBI
Gene model	AT3G43520.1
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0136, Transmembrane (InterPro:IPR005349); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G26240.1); Has 432 Blast hits to 415 proteins in 105 species: Archae - 4; Bacteria - 70; Metazoa - 210; Fungi - 11; Plants - 99; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 31 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 15405088-15406287)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G43520.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G43510.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G43520.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 15406041 -47

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	15406041	-47

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 15406021 -67

TSS clone A clone + 15406024 -64

TSS clone A clone + 15406034 -54

TSS clone T clone + 15406052 -36

TSS clone A clone + 15406085 -3

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	15406021	-67
TSS clone	`A`	clone	+	15406024	-64
TSS clone	`A`	clone	+	15406034	-54
TSS clone	`T`	clone	+	15406052	-36
TSS clone	`A`	clone	+	15406085	-3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACCGAA + 15405876 15405883 -212 -205

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAAACCGGTTTG + 15405944 15405955 -144 -133

AtREG542 AAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 AAACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496 CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCGGTTAAG + 15405974 15405982 -114 -106

AtREG501 CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG605 CGGTTAAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACCGAA`		+	15405876	15405883	-212	-205
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAAACCGGTTTG`		+	15405944	15405955	-144	-133
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCGGTTAAG`		+	15405974	15405982	-114	-106
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG605	`CGGTTAAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None