PlantPromoterDB promoter information of AT3G44750

Summary of Gene (AT3G44750)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G44750 TAIR NCBI
Gene model	AT3G44750
Description	Encodes a histone deacetylase. Controls the development of adaxial/abaxial leaf polarity. Two lines with RNAi-directed against this gene show reduced Agrobacterium-mediated DNA transformation of the roots.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 16297045-16298244)

`Genome position from initiation codon` `AT3G44750.1 TSS from cDNA TSS information AT3G44750 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G44740.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G44750

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 55 + 16297983 -62

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	55	+	16297983	-62

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 16297979 -66

TSS clone A clone + 16297983 -62

TSS clone C clone + 16297984 -61

TSS clone A clone + 16297985 -60

TSS clone T clone + 16297986 -59

TSS clone G clone + 16297992 -53

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	16297979	-66
TSS clone	`A`	clone	+	16297983	-62
TSS clone	`C`	clone	+	16297984	-61
TSS clone	`A`	clone	+	16297985	-60
TSS clone	`T`	clone	+	16297986	-59
TSS clone	`G`	clone	+	16297992	-53

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTATAAATA + 16297945 16297954 -100 -91

Y Patch CTTTCTTCTTCTCTT + 16297968 16297982 -77 -63

Y Patch TCCTCTCTTT + 16298013 16298022 -32 -23

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTATAAATA`	+	16297945	16297954	-100	-91
Y Patch	`CTTTCTTCTTCTCTT`	+	16297968	16297982	-77	-63
Y Patch	`TCCTCTCTTT`	+	16298013	16298022	-32	-23
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCCGTTT + 16297794 16297801 -251 -244

AtREG524 CGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AACGACGTCGTT + 16297848 16297859 -197 -186

AtREG493 AACGACGTCGTT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431 ACGACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AACGGCGTCGT + 16297895 16297905 -150 -140

AtREG497 AACGGCGT    PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

AtREG540 ACGGCGTC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG537    GGCGTCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACGGC + 16297917 16297924 -128 -121

AtREG531 AAAACGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCCGTTT`		+	16297794	16297801	-251	-244
	AtREG524	`CGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AACGACGTCGTT`		+	16297848	16297859	-197	-186
	AtREG493	`AACGACGTCGTT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG431	`ACGACGTCGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`AACGGCGTCGT`		+	16297895	16297905	-150	-140
	AtREG497	`AACGGCGT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG540	`ACGGCGTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG537	`GGCGTCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAACGGC`		+	16297917	16297924	-128	-121
	AtREG531	`AAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 16297816 AT3G44740.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	16297816	AT3G44740.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCCTC - 16297767 16297774 AT3G44740.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCCTC`	-	16297767	16297774	AT3G44740.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACGACGCCGTT - 16297895 16297905 AT3G44740.1

AtREG537 ACGACGCC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG540   GACGCCGT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG497    ACGCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

REG GCCGTTTT - 16297917 16297924 AT3G44740.1

AtREG531 GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif