PlantPromoterDB promoter information of AT3G46040.1

Summary of Gene (AT3G46040.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G46040 TAIR NCBI
Gene model	AT3G46040.1
Description	Regulated by TCP20.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 16913891-16915090)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G46040.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G46030.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G46040.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 + 16914573 -318

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	+	16914573	-318

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 16914566 -325

TSS clone T clone + 16914567 -324

TSS clone T clone + 16914569 -322

TSS clone T clone + 16914572 -319

TSS clone T clone + 16914574 -317

TSS clone A clone + 16914578 -313

TSS clone T clone + 16914579 -312

TSS clone C clone + 16914582 -309

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	16914566	-325
TSS clone	`T`	clone	+	16914567	-324
TSS clone	`T`	clone	+	16914569	-322
TSS clone	`T`	clone	+	16914572	-319
TSS clone	`T`	clone	+	16914574	-317
TSS clone	`A`	clone	+	16914578	-313
TSS clone	`T`	clone	+	16914579	-312
TSS clone	`C`	clone	+	16914582	-309

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCT + 16914565 16914572 -326 -319

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCT`	+	16914565	16914572	-326	-319
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAATGGGCCATTAAG + 16914294 16914309 -597 -582

AtREG443 TAAATGGG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490    ATGGGCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437     TGGGCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG604         CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG TTTAACGGGC + 16914342 16914351 -549 -540

AtREG610 TTTAACGG   PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG399   TAACGGGC PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG AAATGGGCTTA + 16914354 16914364 -537 -527

AtREG386 AAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAATGGGCCTAAT + 16914451 16914463 -440 -428

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506      GGCCTAAT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAATGGGCCTAG + 16914473 16914485 -418 -406

AtREG546 ATAATGGG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG475      GGGCCTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATAATGGGCTTAG + 16914496 16914508 -395 -383

AtREG546 ATAATGGG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG634      GGGCTTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAATGGGCCATTAAG`		+	16914294	16914309	-597	-582
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TTTAACGGGC`		+	16914342	16914351	-549	-540
	AtREG610	`TTTAACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG399	`TAACGGGC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`AAATGGGCTTA`		+	16914354	16914364	-537	-527
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAATGGGCCTAAT`		+	16914451	16914463	-440	-428
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAATGGGCCTAG`		+	16914473	16914485	-418	-406
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG475	`GGGCCTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ATAATGGGCTTAG`		+	16914496	16914508	-395	-383
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG634	`GGGCTTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 33 - 16914131 AT3G46020.1, AT3G46030.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	33	-	16914131	AT3G46020.1, AT3G46030.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 16914132 AT3G46020.1, AT3G46030.1

TSS clone A clone - 16914130 AT3G46020.1, AT3G46030.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	16914132	AT3G46020.1, AT3G46030.1
TSS clone	`A`	clone	-	16914130	AT3G46020.1, AT3G46030.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCATATATATACA - 16914154 16914166 AT3G46020.1, AT3G46030.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCATATATATACA`	-	16914154	16914166	AT3G46020.1, AT3G46030.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTCCACGTCATC - 16914212 16914223 AT3G46020.1, AT3G46030.1

AtREG627 TTCCACGT     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419   CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG483    CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG578     ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CTAACGGT - 16914234 16914241 AT3G46020.1, AT3G46030.1

AtREG603 CTAACGGT PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG CTTAATGGCCCATTTA - 16914294 16914309 AT3G46020.1, AT3G46030.1

AtREG604 CTTAATGG         PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG437     ATGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490      TGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361       GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386        GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443         CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCGTTAAA - 16914342 16914351 AT3G46020.1, AT3G46030.1

AtREG399 GCCCGTTA   PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG610   CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TAAGCCCATTT - 16914354 16914364 AT3G46020.1, AT3G46030.1

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif