PlantPromoterDB promoter information of AT3G46520

Summary of Gene (AT3G46520)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G46520 TAIR NCBI
Gene model	AT3G46520
Description	Member of actin subclass composed of ACT12 and ACT4. RNA is expressed at very low levels in vegetative organs, low levels in flowers and very high levels in pollen. Expression of an ACT12/GUS fusion was found in vascular tissues, tapetum, developing and mature pollen, the root cap and in a ring of pericycle tissues during lateral root initiation and early development.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 17127567-17128766)

`Genome position from initiation codon` `AT3G46520.1 TSS from cDNA TSS information AT3G46520 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G46520

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 + 17128261 -306

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	+	17128261	-306

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 17128263 -304

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	17128263	-304

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTTTCT + 17128301 17128309 -266 -258

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTTTCT`	+	17128301	17128309	-266	-258
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCCTTTT + 17128012 17128019 -555 -548

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTAGGCCCAAATGGGCTCA + 17128029 17128048 -538 -519

AtREG563 CTTAGGCC             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373     GGCCCAAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421      GCCCAAAT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386          AAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372           AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485             TGGGCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TGACCCGA + 17128070 17128077 -497 -490

AtREG617 TGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTAAACCGT + 17128098 17128106 -469 -461

AtREG511 CTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG GGACACGTGTCT + 17128157 17128168 -410 -399

AtREG472 GGACACGT     ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366 GACACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG470     ACGTGTCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCCTTTT`		+	17128012	17128019	-555	-548
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTTAGGCCCAAATGGGCTCA`		+	17128029	17128048	-538	-519
	AtREG563	`CTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG485	`TGGGCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TGACCCGA`		+	17128070	17128077	-497	-490
	AtREG617	`TGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTAAACCGT`		+	17128098	17128106	-469	-461
	AtREG511	`CTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG652	`TAAACCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGACACGTGTCT`		+	17128157	17128168	-410	-399
	AtREG472	`GGACACGT`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG366	`GACACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG470	`ACGTGTCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None