PlantPromoterDB promoter information of AT3G47120.1

Summary of Gene (AT3G47120.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G47120 TAIR NCBI
Gene model	AT3G47120.1
Description	RNA recognition motif (RRM)-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA recognition motif (RRM)-containing protein (TAIR:AT5G19960.1); Has 20793 Blast hits to 16950 proteins in 655 species: Archae - 10; Bacteria - 1203; Metazoa - 11844; Fungi - 2178; Plants - 3009; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2549 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 17353769-17352570)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G47120.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G47130.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G47120.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 17352815 -46

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	17352815	-46

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 17352822 -53

TSS clone T clone - 17352820 -51

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17352822	-53
TSS clone	`T`	clone	-	17352820	-51

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCAT - 17352821 17352828 -52 -59

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCAT`	-	17352821	17352828	-52	-59
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGGGTCGG - 17352878 17352886 -109 -117

AtREG494 CCGGGTCG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG375 CGGGTCGG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG TAAATGGGCCTCA - 17352889 17352901 -120 -132

AtREG443 TAAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG447     TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG587      GGGCCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG AAACCGAACCGA - 17353077 17353088 -308 -319

AtREG568 AAACCGAA     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556 AACCGAAC    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451   ACCGAACC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456    CCGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575     CGAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCGAACCGACCCGAA - 17353092 17353108 -323 -339

AtREG556 AACCGAAC          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACC         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456   CCGAACCG        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575    CGAACCGA       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG375        CCGACCCG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG383         CGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG597          GACCCGAA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGGGTCGG`		-	17352878	17352886	-109	-117
	AtREG494	`CCGGGTCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG375	`CGGGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`TAAATGGGCCTCA`		-	17352889	17352901	-120	-132
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG447	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG587	`GGGCCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`AAACCGAACCGA`		-	17353077	17353088	-308	-319
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`CGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AACCGAACCGACCCGAA`		-	17353092	17353108	-323	-339
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`CGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG383	`CGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG597	`GACCCGAA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None