version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G48131.1

Summary of Gene (AT3G48131.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G48131  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G48131.1  
Description unknown protein; LOCATED IN: endomembrane system; Has 0 Blast hits to 0 proteins in 0 species (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 17778787-17777588)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G48131.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G48140.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G48131.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA10+17778401AT3G48140.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+17778391AT3G48140.1
TSS cloneTclone+17778395AT3G48140.1
TSS cloneTclone+17778397AT3G48140.1
TSS cloneAclone+17778400AT3G48140.1
TSS cloneAclone+17778401AT3G48140.1
TSS cloneCclone+17778402AT3G48140.1
TSS cloneTclone+17778404AT3G48140.1
TSS cloneTclone+17778405AT3G48140.1
TSS cloneTclone+17778407AT3G48140.1
TSS cloneAclone+17778409AT3G48140.1
TSS cloneTclone+17778419AT3G48140.1
TSS cloneTclone+17778454AT3G48140.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTAAATATAAAG+1777836617778376AT3G48140.1
Y PatchCGTCTTCTTCCTCCTTC+1777841717778433AT3G48140.1
Y PatchTCTCTCTC+1777843617778443AT3G48140.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTATATGGG+1777813117778138AT3G48140.1
 AtREG620TATATGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.