PlantPromoterDB promoter information of AT3G49080.1

Summary of Gene (AT3G49080.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G49080 TAIR NCBI
Gene model	AT3G49080.1
Description	ribosomal protein S9 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, ribosome, intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S9 (InterPro:IPR000754), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR014721); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RPS9 (RIBOSOMAL PROTEIN S9); structural constituent of ribosome (TAIR:AT1G74970.1); Has 5624 Blast hits to 5609 proteins in 1600 species: Archae - 138; Bacteria - 2917; Metazoa - 148; Fungi - 89; Plants - 121; Viruses - 18; Other Eukaryotes - 2193 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 18197657-18196458)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G49080.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G49100.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G49080.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 18196727 -70

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	18196727	-70

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 18196726 -69

TSS clone A clone - 18196716 -59

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	18196726	-69
TSS clone	`A`	clone	-	18196716	-59

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTTC - 18196718 18196726 -61 -69

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTTC`	-	18196718	18196726	-61	-69
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACCGAACCGGT - 18196767 18196779 -110 -122

AtREG568 AAACCGAA      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556 AACCGAAC     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451   ACCGAACC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456    CCGAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423     CGAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528      GAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CAAACCGGAATAAACCGACT - 18196781 18196800 -124 -143

AtREG496 CAAACCGG             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 AAACCGGA            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534   AACCGGAA           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598          ATAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514           TAAACCGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG641             AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG GGCTTTTT - 18196843 18196850 -186 -193

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACCGAACCGGT`		-	18196767	18196779	-110	-122
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CAAACCGGAATAAACCGACT`		-	18196781	18196800	-124	-143
	AtREG496	`CAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG641	`AACCGACT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`GGCTTTTT`		-	18196843	18196850	-186	-193
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak C clone + 18196849 AT3G49100.1

TSS clone peak G clone + 18196875 AT3G49100.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	18196849	AT3G49100.1
TSS clone peak	`G`	clone	+	18196875	AT3G49100.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None