PlantPromoterDB promoter information of AT3G49220

Summary of Gene (AT3G49220)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G49220 TAIR NCBI
Gene model	AT3G49220
Description	pectinesterase family protein; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PMEPCRF (PECTIN METHYLESTERASE PCR FRAGMENT F); pectinesterase (TAIR:AT5G53370.1); Has 1605 Blast hits to 1561 proteins in 271 species: Archae - 0; Bacteria - 403; Metazoa - 1; Fungi - 128; Plants - 1073; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 18248840-18250039)

`Genome position from initiation codon` `AT3G49220.1 TSS from cDNA TSS information AT3G49220 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G49220

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 38 + 18249804 -36

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	38	+	18249804	-36

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 18249776 -64

TSS clone A clone + 18249804 -36

TSS clone A clone + 18249805 -35

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	18249776	-64
TSS clone	`A`	clone	+	18249804	-36
TSS clone	`A`	clone	+	18249805	-35

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCATATATATACC + 18249770 18249782 -70 -58

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCATATATATACC`	+	18249770	18249782	-70	-58
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGCGTGT + 18249708 18249715 -132 -125

AtREG536 ACGCGTGT ABA, Drought PPDB Motif PLACE Motif ACACNNG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGCGTGT`		+	18249708	18249715	-132	-125
	AtREG536	`ACGCGTGT`	ABA, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif	`ACACNNG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None