PlantPromoterDB promoter information of AT3G49400.1

Summary of Gene (AT3G49400.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G49400 TAIR NCBI
Gene model	AT3G49400.1
Description	transducin family protein / WD-40 repeat family protein; FUNCTIONS IN: nucleotide binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: sperm cell, embryo, flower, cultured cell; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, region (InterPro:IPR017986), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40/YVTN repeat-like (InterPro:IPR015943); Has 724 Blast hits to 645 proteins in 140 species: Archae - 0; Bacteria - 177; Metazoa - 195; Fungi - 136; Plants - 78; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 138 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 18325373-18324174)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G49400.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G49410.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G49400.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 18324530 -157

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	18324530	-157

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 18324482 -109

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	18324482	-109

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATTTGGGCTTAGCCCATCA - 18324582 18324600 -209 -227

AtREG421 ATTTGGGC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG634     GGGCTTAG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG571         TTAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581          TAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635            GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAAGCC - 18324647 18324654 -274 -281

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACGACATCG - 18324675 18324686 -302 -313

AtREG520 AAAACGAC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG630     CGACATCG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTTGGGCCTATT - 18324696 18324708 -323 -335

AtREG421 ATTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362     GGGCCTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG424      GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif

REG CGACATCG - 18324754 18324761 -381 -388

AtREG630 CGACATCG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCGGTTT - 18324764 18324771 -391 -398

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ACCGGAAA - 18324797 18324804 -424 -431

AtREG644 ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATTTGGGCTTAGCCCATCA`		-	18324582	18324600	-209	-227
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG634	`GGGCTTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG571	`TTAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG635	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATAAAGCC`		-	18324647	18324654	-274	-281
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAACGACATCG`		-	18324675	18324686	-302	-313
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG630	`CGACATCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCTATT`		-	18324696	18324708	-323	-335
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG362	`GGGCCTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG424	`GGCCTATT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGACATCG`		-	18324754	18324761	-381	-388
	AtREG630	`CGACATCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTCGGTTT`		-	18324764	18324771	-391	-398
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ACCGGAAA`		-	18324797	18324804	-424	-431
	AtREG644	`ACCGGAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone + 18324746 AT3G49410.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	18324746	AT3G49410.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None