PlantPromoterDB promoter information of AT3G49720.2

Summary of Gene (AT3G49720.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G49720 TAIR NCBI
Gene model	AT3G49720.2
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, Golgi apparatus, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G65810.1); Has 32 Blast hits to 32 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 32; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 18442655-18441456)

`Genome position from initiation codon` `AT3G49720.1 AT3G49725.1 TSS from cDNA TSS information AT3G49720.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G49720.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 20 - 18442198 -543

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	20	-	18442198	-543

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 18442194 -539

TSS clone T clone - 18442191 -536

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	18442194	-539
TSS clone	`T`	clone	-	18442191	-536

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTATAAATA - 18442220 18442228 -565 -573

Y Patch CTTCTTCTTCCT - 18442166 18442177 -511 -522

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTATAAATA`	-	18442220	18442228	-565	-573
Y Patch	`CTTCTTCTTCCT`	-	18442166	18442177	-511	-522
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGCGCTT - 18442240 18442247 -585 -592

AtREG492 ACGCGCTT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG TAAAACGCTGTCGTTTT - 18442278 18442294 -623 -639

AtREG564 TAAAACGC          PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG626   AAACGCTG        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG569         TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520          GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACGGCA - 18442330 18442338 -675 -683

AtREG531 AAAACGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500 AAACGGCA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CGTGTCGTTTTGA - 18442356 18442368 -701 -713

AtREG428 CGTGTCGT      ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527 GTGTCGTT     DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569   TGTCGTTT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520    GTCGTTTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG653      CGTTTTGA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGCGCTT`		-	18442240	18442247	-585	-592
	AtREG492	`ACGCGCTT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`TAAAACGCTGTCGTTTT`		-	18442278	18442294	-623	-639
	AtREG564	`TAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG626	`AAACGCTG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAACGGCA`		-	18442330	18442338	-675	-683
	AtREG531	`AAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CGTGTCGTTTTGA`		-	18442356	18442368	-701	-713
	AtREG428	`CGTGTCGT`	ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG527	`GTGTCGTT`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG653	`CGTTTTGA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None