PlantPromoterDB promoter information of AT3G49780

Summary of Gene (AT3G49780)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G49780 TAIR NCBI
Gene model	AT3G49780
Description	Phytosulfokine 3 precursor, coding for a unique plant peptide growth factor. Plants overexpressing this gene (under a 35S promoter), develop normal cotyledons and hypocotyls but their growth, in particular that of their roots, was faster than that of wildtype.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 18473050-18474249)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G49780 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G49800.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G49780

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 20 + 18465679 -71

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	20	+	18465679	-71

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 18465679 -71

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	18465679	-71

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CACTATAAATT + 18465642 18465652 -108 -98

Y Patch TCTCTCTTCTC + 18465703 18465713 -47 -37

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CACTATAAATT`	+	18465642	18465652	-108	-98
Y Patch	`TCTCTCTTCTC`	+	18465703	18465713	-47	-37
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGCCGTA + 18465432 18465439 -318 -311

AtREG499 GGGCCGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGCCGTA`		+	18465432	18465439	-318	-311
	AtREG499	`GGGCCGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 18473726 AT3G49800.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	18473726	AT3G49800.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 18473726 AT3G49800.1

TSS clone C clone - 18473725 AT3G49800.1

TSS clone G clone - 18473704 AT3G49800.1

TSS clone A clone - 18473701 AT3G49800.1

TSS clone T clone - 18473694 AT3G49800.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	18473726	AT3G49800.1
TSS clone	`C`	clone	-	18473725	AT3G49800.1
TSS clone	`G`	clone	-	18473704	AT3G49800.1
TSS clone	`A`	clone	-	18473701	AT3G49800.1
TSS clone	`T`	clone	-	18473694	AT3G49800.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GACGACGT - 18473773 18473780 AT3G49800.1

AtREG526 GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TTATGGGCTATT - 18473808 18473819 AT3G49800.1

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581   ATGGGCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG584     GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGC - 18473833 18473840 AT3G49800.1

AtREG572 AGATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACGACGT - 18473879 18473886 AT3G49800.1

AtREG493 AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CTAAGCCCATTT - 18473899 18473910 AT3G49800.1

AtREG634 CTAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTATGGGCTTTA - 18473915 18473926 AT3G49800.1

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGCTA - 18473938 18473947 AT3G49800.1

AtREG572 AGATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG581   ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY