PlantPromoterDB promoter information of AT3G49800.1

Summary of Gene (AT3G49800.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G49800 TAIR NCBI
Gene model	AT3G49800.1
Description	BSD domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BSD (InterPro:IPR005607); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BSD domain-containing protein (TAIR:AT5G65910.1); Has 131 Blast hits to 121 proteins in 21 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 15; Fungi - 1; Plants - 111; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 18474676-18473477)

`Genome position from initiation codon` `AT3G49810.1 TSS from cDNA TSS information AT3G49800.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G49800.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 18473726 -50

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	18473726	-50

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 18473726 -50

TSS clone C clone - 18473725 -49

TSS clone G clone - 18473704 -28

TSS clone A clone - 18473701 -25

TSS clone T clone - 18473694 -18

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	18473726	-50
TSS clone	`C`	clone	-	18473725	-49
TSS clone	`G`	clone	-	18473704	-28
TSS clone	`A`	clone	-	18473701	-25
TSS clone	`T`	clone	-	18473694	-18

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGACGT - 18473773 18473780 -97 -104

AtREG526 GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TTATGGGCTATT - 18473808 18473819 -132 -143

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581   ATGGGCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG584     GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGC - 18473833 18473840 -157 -164

AtREG572 AGATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACGACGT - 18473879 18473886 -203 -210

AtREG493 AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CTAAGCCCATTT - 18473899 18473910 -223 -234

AtREG634 CTAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTATGGGCTTTA - 18473915 18473926 -239 -250

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGCTA - 18473938 18473947 -262 -271

AtREG572 AGATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG581   ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGACGT`		-	18473773	18473780	-97	-104
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TTATGGGCTATT`		-	18473808	18473819	-132	-143
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`ATGGGCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG584	`GGGCTATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGATGGGC`		-	18473833	18473840	-157	-164
	AtREG572	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACGACGT`		-	18473879	18473886	-203	-210
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`CTAAGCCCATTT`		-	18473899	18473910	-223	-234
	AtREG634	`CTAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTATGGGCTTTA`		-	18473915	18473926	-239	-250
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGATGGGCTA`		-	18473938	18473947	-262	-271
	AtREG572	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG581	`ATGGGCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None