version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G50500

Summary of Gene (AT3G50500)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G50500  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G50500  
Description encodes a member of SNF1-related protein kinases (SnRK2) whose activity is activated by ionic (salt) and non-ionic (mannitol) osmotic stress. Enzyme involved in the ABA signaling during seed germination, dormancy and seedling growth.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 18754004-18752805)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G50500                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G50530.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G50500

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG18-18744069-165
TSS peakA13-18743920-16

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-18744072-168
TSS cloneTclone-18744068-164
TSS cloneCclone-18744067-163
TSS cloneAclone-18744032-128
TSS cloneAclone-18744031-127
TSS cloneAclone-18743971-67

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTTCTC-1874406118744068-157-164
Y PatchCATCTCTCTCCTCTT-1874410318744117-199-213
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCGTCGTT-1874405118744058-147-154
 AtREG648TCGTCGTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGTGTCGTT-1874412318744131-219-227
 AtREG599GGTGTCGT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527 GTGTCGTTDREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGCCTTTG-1874416618744173-262-269
 AtREG656GGCCTTTG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCAAAACGCG-1874417618744184-272-280
 AtREG585CAAAACGC  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE MotifCAAAACGC 
 AtREG566 AAAACGCG PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4+18753608AT3G50530.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+18753541AT3G50530.1
TSS cloneTclone+18753542AT3G50530.1
TSS cloneAclone+18753580AT3G50530.1
TSS cloneCclone+18753609AT3G50530.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.