PlantPromoterDB promoter information of AT3G51500.1

Summary of Gene (AT3G51500.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G51500 TAIR NCBI
Gene model	AT3G51500.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 13 Blast hits to 13 proteins in 5 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 13; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19107353-19108552)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G51500.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G51490.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G51500.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 + 19108137 -216

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	+	19108137	-216

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 19108135 -218

TSS clone C clone + 19108138 -215

TSS clone A clone + 19108139 -214

TSS clone A clone + 19108140 -213

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	19108135	-218
TSS clone	`C`	clone	+	19108138	-215
TSS clone	`A`	clone	+	19108139	-214
TSS clone	`A`	clone	+	19108140	-213

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCC + 19108127 19108135 -226 -218

Y Patch TTCTCTCTC + 19108162 19108170 -191 -183

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCC`	+	19108127	19108135	-226	-218
Y Patch	`TTCTCTCTC`	+	19108162	19108170	-191	-183
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGTCGGTC + 19107952 19107959 -401 -394

AtREG638 AGTCGGTC DREB1Aox, ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG AAAACCGGTATA + 19108029 19108040 -324 -313

AtREG542 AAAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 AAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG629     CCGGTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTAAGCCC + 19108045 19108052 -308 -301

AtREG634 CTAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTTAACGG + 19108054 19108061 -299 -292

AtREG610 TTTAACGG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGTCGGTC`		+	19107952	19107959	-401	-394
	AtREG638	`AGTCGGTC`	DREB1Aox, ABA	PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`AAAACCGGTATA`		+	19108029	19108040	-324	-313
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG629	`CCGGTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTAAGCCC`		+	19108045	19108052	-308	-301
	AtREG634	`CTAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTTAACGG`		+	19108054	19108061	-299	-292
	AtREG610	`TTTAACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None