PlantPromoterDB promoter information of AT3G52050.4

Summary of Gene (AT3G52050.4)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G52050 TAIR NCBI
Gene model	AT3G52050.4
Description	5'-3' exonuclease family protein; FUNCTIONS IN: 5'-3' exonuclease activity, DNA binding, catalytic activity; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 5'-3' exonuclease (InterPro:IPR002421), Helix-hairpin-helix motif, class 2 (InterPro:IPR008918); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 5'-3' exonuclease family protein (TAIR:AT1G34380.2); Has 6752 Blast hits to 6747 proteins in 1396 species: Archae - 3; Bacteria - 3268; Metazoa - 5; Fungi - 10; Plants - 48; Viruses - 26; Other Eukaryotes - 3392 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19304228-19305427)

`Genome position from initiation codon` `AT3G52050.1 AT3G52050.2 AT3G52050.3 AT3G52050.5 TSS from cDNA TSS information AT3G52050.4 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G52040.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G52050.4

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 19304993 -235

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	19304993	-235

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCGTCGTTTC + 19304810 19304819 -418 -409

AtREG648 TCGTCGTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG576   GTCGTTTC PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAATGGGCT + 19304896 19304905 -332 -323

AtREG546 ATAATGGG   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTAAGGCCTTTA + 19304907 19304918 -321 -310

AtREG416 TTAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG467     GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG TATATGGGCTGA + 19304921 19304932 -307 -296

AtREG620 TATATGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477   TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG609     TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTATTGGGCCCAATT + 19304937 19304951 -291 -277

AtREG417 TTATTGGG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422     TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392    TTGGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418        GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCGTCGTTTC`		+	19304810	19304819	-418	-409
	AtREG648	`TCGTCGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG576	`GTCGTTTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAATGGGCT`		+	19304896	19304905	-332	-323
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TTAAGGCCTTTA`		+	19304907	19304918	-321	-310
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TATATGGGCTGA`		+	19304921	19304932	-307	-296
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TTATTGGGCCCAATT`		+	19304937	19304951	-291	-277
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`TTGGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 19304856 AT3G52040.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	19304856	AT3G52040.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATTATATA - 19304893 19304900 AT3G52040.1

Y Patch TTCTTCTTCTTCTTCT - 19304862 19304877 AT3G52040.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATTATATA`	-	19304893	19304900	AT3G52040.1
Y Patch	`TTCTTCTTCTTCTTCT`	-	19304862	19304877	AT3G52040.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGCCCATTAT - 19304896 19304905 AT3G52040.1

AtREG372 AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357 GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546   CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAAGGCCTTAA - 19304907 19304918 AT3G52040.1

AtREG467 TAAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG416     GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG TCAGCCCATATA - 19304921 19304932 AT3G52040.1

AtREG609 TCAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620     CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCCCAATAA - 19304937 19304951 AT3G52040.1

AtREG418 AATTGGGC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392   TTGGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355       GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417        CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif