PlantPromoterDB promoter information of AT3G52150.2

Summary of Gene (AT3G52150.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G52150 TAIR NCBI
Gene model	AT3G52150.2
Description	RNA recognition motif (RRM)-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CP33; RNA binding (TAIR:AT3G52380.1); Has 25844 Blast hits to 15833 proteins in 627 species: Archae - 20; Bacteria - 2067; Metazoa - 14187; Fungi - 2805; Plants - 3913; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2852 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19341074-19342273)

`Genome position from initiation codon` `AT3G52140.1 AT3G52150.1 TSS from cDNA TSS information AT3G52150.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G52150.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 + 19342028 -46

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	+	19342028	-46

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 19342024 -50

TSS clone A clone + 19342025 -49

TSS clone C clone + 19342031 -43

TSS clone T clone + 19342049 -25

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	19342024	-50
TSS clone	`A`	clone	+	19342025	-49
TSS clone	`C`	clone	+	19342031	-43
TSS clone	`T`	clone	+	19342049	-25

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCCT + 19342038 19342046 -36 -28

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCCT`	+	19342038	19342046	-36	-28
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCATTTA + 19341894 19341901 -180 -173

AtREG443 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAATGGG + 19341930 19341937 -144 -137

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAGGCCCAAATTATAGGCCTTAATAAGGCCCAATTA + 19341946 19341982 -128 -92

AtREG475 CTAGGCCC                              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA                             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA                AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373    GGCCCAAA                           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421     GCCCAAAT                          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG487             TATAGGCC                  PPDB Motif PLACE Motif

AtREG649              ATAGGCCT                 PPDB Motif PLACE Motif

AtREG416                 GGCCTTAA              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG425                        ATAAGGCC       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351                         TAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353                          AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                            GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418                             GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600                              CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCATTTA`		+	19341894	19341901	-180	-173
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAATGGG`		+	19341930	19341937	-144	-137
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTAGGCCCAAATTATAGGCCTTAATAAGGCCCAATTA`		+	19341946	19341982	-128	-92
	AtREG475	`CTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG487	`TATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG649	`ATAGGCCT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG416	`GGCCTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None