version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G52220.1

Summary of Gene (AT3G52220.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G52220  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G52220.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 9607 Blast hits to 4937 proteins in 278 species: Archae - 10; Bacteria - 152; Metazoa - 4787; Fungi - 1223; Plants - 656; Viruses - 23; Other Eukaryotes - 2756 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19371980-19370781)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G52220.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence










 
AT3G52230.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence










 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G52220.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8-19371055-75

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-19371055-75
TSS cloneTclone-19371047-67

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGGCCCATAA-1937112919371139-149-159
 AtREG484TTGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG490 TGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364  GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG394   GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTAATGGGCCTAAA-1937114719371160-167-180
 AtREG558CTAATGGG       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG357 TAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361  AATGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354   ATGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358    TGGGCCTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG360     GGGCCTAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG430      GGCCTAAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGACACGTGTCACACGTGTCT-1937118719371208-207-228
 AtREG428ACGACACG              ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG478 CGACACGT             ABA, DREB1Aox, Drought PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG366  GACACGTGTC CACGTGTC ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG389     ACGTGTCA         ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG498      CGTGTCAC        ABA PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG588          TCACACGT    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG460           CACACGTG   ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG470              ACGTGTCTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8+19371316AT3G52230.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+19371287AT3G52230.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAAAGCC+1937102319371030AT3G52230.1
 AtREG549TAAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTATGGGCCAA+1937112919371139AT3G52230.1
 AtREG394TTATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG364 TATGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG490  ATGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG484   TGGGCCAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGTTTAGGCCCATTAG+1937114719371160AT3G52230.1
 AtREG430TTTAGGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG360 TTAGGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354   AGGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361    GGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG357     GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG558      CCCATTAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAGACACGTGTGACACGTGTCGT+1937118719371208AT3G52230.1
 AtREG470AGACACGT              ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG460   CACGTGTG           ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG588    ACGTGTGA          ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG498        GTGACACG      ABA PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG389         TGACACGT     ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG366 GACACGTG GACACGTGTC  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG478             ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG428              CGTGTCGTABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.