version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G52420.1

Summary of Gene (AT3G52420.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G52420  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G52420.1  
Description encodes a 7 kDa chloroplast outer envelope membrane protein.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19428775-19429974)

Genome position     
from initiation codon
AT3G52410.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G52420.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence










 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G52420.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8+19429758-17

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAGTTGGGCCATA+1942962919429640-146-135
 AtREG607AGTTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG449 GTTGGGCC    PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420  TTGGGCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG437   TGGGCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG479    GGGCCATA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGGAAGCCCAAACCGGCCCATTT+1942967219429692-103-83
 AtREG476GAAGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407 AAGCCCAA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469  AGCCCAAA            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG474   GCCCAAAC           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG550     CCAAACCG         PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG496      CAAACCGG        PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG457          CCGGCCCA   CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380           CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361            GGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG386             GCCCATTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.