PlantPromoterDB promoter information of AT3G52860.1

Summary of Gene (AT3G52860.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G52860 TAIR NCBI
Gene model	AT3G52860.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; Has 68 Blast hits to 68 proteins in 28 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 36; Fungi - 13; Plants - 13; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19593741-19592542)

`Genome position from initiation codon` `AT3G52870.1 TSS from cDNA TSS information AT3G52860.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G52860.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 19593736 -995

TSS peak G 2 - 19592760 -19

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	19593736	-995
TSS peak	`G`	2	-	19592760	-19

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 19592756 -15

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	19592756	-15

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAATGGGCCCCCATTAT - 19592810 19592827 -69 -86

AtREG443 TAAATGGG           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391    ATGGGCCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG546           CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAAGGCCCAATAAGCCCAAAT - 19592837 19592858 -96 -117

AtREG459 AAAAGGCC               PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352     GGCCCAAT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355      GCCCAATA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417       CCCAATAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611        CCAATAAG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG462           ATAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426            TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407             AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469              AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421               GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCGTCAGA - 19593976 19593983 -1235 -1242

AtREG622 CCGTCAGA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCGGTTTAA - 19594020 19594029 -1279 -1288

AtREG568 TTCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473   CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAATGGGCCCCCATTAT`		-	19592810	19592827	-69	-86
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG546	`CCCATTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAAGGCCCAATAAGCCCAAAT`		-	19592837	19592858	-96	-117
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG462	`ATAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCGTCAGA`		-	19593976	19593983	-1235	-1242
	AtREG622	`CCGTCAGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTCGGTTTAA`		-	19594020	19594029	-1279	-1288
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None