PlantPromoterDB promoter information of AT3G53140

Summary of Gene (AT3G53140)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G53140 TAIR NCBI
Gene model	AT3G53140
Description	O-diphenol-O-methyl transferase, putative; FUNCTIONS IN: methyltransferase activity, protein dimerization activity, O-methyltransferase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Plant methyltransferase dimerisation (InterPro:IPR012967), O-methyltransferase, family 2 (InterPro:IPR001077), O-methyltransferase, COMT, eukaryota (InterPro:IPR016461); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATOMT1 (O-METHYLTRANSFERASE 1); caffeate O-methyltransferase/ myricetin 3'-O-methyltransferase/ quercetin 3-O-methyltransferase (TAIR:AT5G54160.1); Has 1925 Blast hits to 1921 proteins in 388 species: Archae - 0; Bacteria - 516; Metazoa - 73; Fungi - 340; Plants - 919; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 77 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19687642-19688841)

`Genome position from initiation codon` `AT3G53110.1 TSS from cDNA TSS information AT3G53140 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G53140

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 19695653 -39

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	19695653	-39

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATAAAACCATATAAAAC + 19695609 19695627 -83 -65

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATAAAACCATATAAAAC`	+	19695609	19695627	-83	-65
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAATTACG + 19695500 19695507 -192 -185

AtREG646 TAATTACG ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAATTACG`		+	19695500	19695507	-192	-185
	AtREG646	`TAATTACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 19687789 AT3G53110.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	19687789	AT3G53110.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 19687787 AT3G53110.1

TSS clone G clone + 19687789 AT3G53110.1

TSS clone T clone + 19687790 AT3G53110.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	19687787	AT3G53110.1
TSS clone	`G`	clone	+	19687789	AT3G53110.1
TSS clone	`T`	clone	+	19687790	AT3G53110.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCCTTCTCTC + 19687823 19687837 AT3G53110.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCCTTCTCTC`	+	19687823	19687837	AT3G53110.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCACGTGTA + 19687637 19687645 AT3G53110.1

AtREG628 TCACGTGT DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG453 CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG