PlantPromoterDB promoter information of AT3G53580.1

Summary of Gene (AT3G53580.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G53580 TAIR NCBI
Gene model	AT3G53580.1
Description	diaminopimelate epimerase family protein; FUNCTIONS IN: diaminopimelate epimerase activity; INVOLVED IN: lysine biosynthetic process via diaminopimelate; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Diaminopimelate epimerase, active site (InterPro:IPR018510), Diaminopimelate epimerase (InterPro:IPR001653); Has 5079 Blast hits to 5075 proteins in 1167 species: Archae - 51; Bacteria - 2343; Metazoa - 5; Fungi - 0; Plants - 22; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2658 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19863784-19864983)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G53580.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G53570.1 AT3G53570.2 AT3G53570.3 AT3G53570.4 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G53580.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 19864763 -21

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	19864763	-21

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 19864770 -14

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19864770	-14

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTAATGGGCTTTTT + 19864587 19864601 -197 -183

AtREG604 CTTAATGG        PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372    AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378     ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376      TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409       GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG589        GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCTTTA + 19864608 19864615 -176 -169

AtREG467 GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG GAAACGACA + 19864636 19864644 -148 -140

AtREG576 GAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACGACGTGG + 19864668 19864679 -116 -105

AtREG520 AAAACGAC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG465     CGACGTGG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTAATGGGCTTTTT`		+	19864587	19864601	-197	-183
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCCTTTA`		+	19864608	19864615	-176	-169
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GAAACGACA`		+	19864636	19864644	-148	-140
	AtREG576	`GAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAACGACGTGG`		+	19864668	19864679	-116	-105
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG465	`CGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 19864588 AT3G53570.3, AT3G53570.1, AT3G53570.2, AT3G53570.4

TSS clone peak T clone - 19864521 AT3G53570.3, AT3G53570.1, AT3G53570.2, AT3G53570.4

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	19864588	AT3G53570.3, AT3G53570.1, AT3G53570.2, AT3G53570.4
TSS clone peak	`T`	clone	-	19864521	AT3G53570.3, AT3G53570.1, AT3G53570.2, AT3G53570.4

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None