PlantPromoterDB promoter information of AT3G53890

Summary of Gene (AT3G53890)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G53890 TAIR NCBI
Gene model	AT3G53890
Description	40S ribosomal protein S21 (RPS21B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, ribosome; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S21e (InterPro:IPR001931), Ribosomal protein S21e, conserved site (InterPro:IPR018279); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: structural constituent of ribosome (TAIR:AT5G27700.1); Has 478 Blast hits to 478 proteins in 194 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 224; Fungi - 90; Plants - 74; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 90 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19957049-19955850)

`Genome position from initiation codon` `AT3G53890.1 AT3G53890.2 AT3G53900.1 AT3G53900.2 TSS from cDNA TSS information AT3G53890 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G53890

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 21 - 19956345 -296

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	21	-	19956345	-296

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 19956344 -295

TSS clone T clone - 19956342 -293

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	19956344	-295
TSS clone	`T`	clone	-	19956342	-293

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTACTATAAATC - 19956372 19956383 -323 -334

Y Patch TTCTTCTTCTTCCTC - 19956300 19956314 -251 -265

Y Patch CCTCTCTC - 19956318 19956325 -269 -276

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTACTATAAATC`	-	19956372	19956383	-323	-334
Y Patch	`TTCTTCTTCTTCCTC`	-	19956300	19956314	-251	-265
Y Patch	`CCTCTCTC`	-	19956318	19956325	-269	-276
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGGGTAT - 19956421 19956428 -372 -379

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TTCGGTTT - 19956490 19956497 -441 -448

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTCCGGTTA - 19956540 19956548 -491 -499

AtREG534 TTCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621 TCCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGGGTAT`		-	19956421	19956428	-372	-379
	AtREG623	`AAGGGTAT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`TTCGGTTT`		-	19956490	19956497	-441	-448
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTCCGGTTA`		-	19956540	19956548	-491	-499
	AtREG534	`TTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG621	`TCCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None