PlantPromoterDB promoter information of AT3G54000.2

Summary of Gene (AT3G54000.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G54000 TAIR NCBI
Gene model	AT3G54000.2
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised conserved protein UCP022260 (InterPro:IPR016802); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G59050.1); Has 43 Blast hits to 43 proteins in 9 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 43; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19995757-19996956)

`Genome position from initiation codon` `AT3G54000.1 AT3G54000.3 TSS from cDNA TSS information AT3G54000.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G54000.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 + 19996616 -141

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	+	19996616	-141

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 19996616 -141

TSS clone G clone + 19996617 -140

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19996616	-141
TSS clone	`G`	clone	+	19996617	-140

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTTCCTTCT + 19996567 19996581 -190 -176

Y Patch TCTCTTTC + 19996597 19996604 -160 -153

Y Patch CGTCTTCT + 19996608 19996615 -149 -142

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTTCCTTCT`	+	19996567	19996581	-190	-176
Y Patch	`TCTCTTTC`	+	19996597	19996604	-160	-153
Y Patch	`CGTCTTCT`	+	19996608	19996615	-149	-142
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATGACG + 19996342 19996349 -415 -408

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

REG CACGTGGT + 19996363 19996370 -394 -387

AtREG544 CACGTGGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GGTCCCAC + 19996404 19996411 -353 -346

AtREG406 GGTCCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG AAGCGCGTGAA + 19996500 19996510 -257 -247

AtREG492 AAGCGCGT    PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG381 AGCGCGTG   PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG395   GCGCGTGA PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG631    CGCGTGAA Drought PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATGACG`		+	19996342	19996349	-415	-408
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CACGTGGT`		+	19996363	19996370	-394	-387
	AtREG544	`CACGTGGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`GGTCCCAC`		+	19996404	19996411	-353	-346
	AtREG406	`GGTCCCAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`AAGCGCGTGAA`		+	19996500	19996510	-257	-247
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG381	`AGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG395	`GCGCGTGA`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG631	`CGCGTGAA`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None