version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G54110.1

Summary of Gene (AT3G54110.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G54110  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G54110.1  
Description Member of Uncoupling protein PUMP2 family. Encodes a mitochondrial uncoupling protein AtUCP1 involved in maintain the redox poise of the mitochondrial electron transport chain to facilitate photosynthetic metabolism. Disruption of UCP1 results in a photosynthetic phenotype. Specifically there is a restriction in photorespiration with a decrease in the rate of oxidation of photorespiratory glycine in the mitochondrion. This change leads to an associated reduced photosynthetic carbon assimilation rate.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 20037890-20039089)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G54110.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
AT3G54100.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence









 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G54110.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5+20038716-174

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+20038680-210
TSS cloneAclone+20038709-181
TSS cloneTclone+20038710-180
TSS cloneTclone+20038715-175
TSS cloneGclone+20038717-173
TSS cloneCclone+20038718-172

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTGTGTATAAATA+2003867420038685-216-205
Y PatchCTCCTTTC+2003869920038706-191-184
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCACACGTG+2003866820038675-222-215
 AtREG460CACACGTGABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2-20037952AT3G54100.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTTCCT-2003791420037923AT3G54100.1
Y PatchCCCTCTCTCTTCTTTCTCT-2003792520037943AT3G54100.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGTGACA-2003816120038168AT3G54100.1
 AtREG606ACGTGACAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.