PlantPromoterDB promoter information of AT3G54190.1

Summary of Gene (AT3G54190.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G54190 TAIR NCBI
Gene model	AT3G54190.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G38630.1); Has 77 Blast hits to 77 proteins in 20 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 51; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 20064880-20063681)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G54190.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G54190.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 20064000 -120

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	20064000	-120

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 20064154 -274

TSS clone G clone - 20064151 -271

TSS clone T clone - 20064149 -269

TSS clone A clone - 20064085 -205

TSS clone A clone - 20064084 -204

TSS clone G clone - 20064079 -199

TSS clone A clone - 20064028 -148

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	20064154	-274
TSS clone	`G`	clone	-	20064151	-271
TSS clone	`T`	clone	-	20064149	-269
TSS clone	`A`	clone	-	20064085	-205
TSS clone	`A`	clone	-	20064084	-204
TSS clone	`G`	clone	-	20064079	-199
TSS clone	`A`	clone	-	20064028	-148

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTT - 20063971 20063979 -91 -99

Y Patch CGTCTTCCTCCT - 20064001 20064012 -121 -132

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTT`	-	20063971	20063979	-91	-99
Y Patch	`CGTCTTCCTCCT`	-	20064001	20064012	-121	-132
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGGTTCGG - 20064141 20064148 -261 -268

AtREG655 TGGTTCGG PPDB Motif PLACE Motif

REG ACCCCTTAAACGCTGCGTTTTA - 20064199 20064220 -319 -340

AtREG636 ACCCCTTA               PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

AtREG626        AAACGCTG        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG369          ACGCTGCG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG564               GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AGCCCATAA - 20064237 20064245 -357 -365

AtREG477 AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394 GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTATTGGGCTGGGCCAT - 20064253 20064269 -373 -389

AtREG417 TTATTGGG          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG454       GGCTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG458         CTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437          TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGGTTCGG`		-	20064141	20064148	-261	-268
	AtREG655	`TGGTTCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACCCCTTAAACGCTGCGTTTTA`		-	20064199	20064220	-319	-340
	AtREG636	`ACCCCTTA`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif
	AtREG626	`AAACGCTG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG369	`ACGCTGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG564	`GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AGCCCATAA`		-	20064237	20064245	-357	-365
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTATTGGGCTGGGCCAT`		-	20064253	20064269	-373	-389
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG454	`GGCTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG458	`CTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None