PlantPromoterDB promoter information of AT3G54260

Summary of Gene (AT3G54260)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G54260 TAIR NCBI
Gene model	AT3G54260
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF231, plant (InterPro:IPR004253); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G42570.1); Has 731 Blast hits to 699 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 730; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 20087745-20086546)

`Genome position from initiation codon` `AT3G54260.1 AT3G54270.1 TSS from cDNA TSS information AT3G54260 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G54260

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 15 - 20086763 -18

TSS peak A 15 - 20086759 -14

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	15	-	20086763	-18
TSS peak	`A`	15	-	20086759	-14

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 20086763 -18

TSS clone C clone - 20086762 -17

TSS clone G clone - 20086758 -13

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	20086763	-18
TSS clone	`C`	clone	-	20086762	-17
TSS clone	`G`	clone	-	20086758	-13

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATAT - 20086788 20086796 -43 -51

Y Patch TCTTTCTCC - 20086775 20086783 -30 -38

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATAT`	-	20086788	20086796	-43	-51
Y Patch	`TCTTTCTCC`	-	20086775	20086783	-30	-38
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTAATTA - 20086836 20086843 -91 -98

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG CAAAACGC - 20086981 20086988 -236 -243

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTAATTA`		-	20086836	20086843	-91	-98
	AtREG646	`CGTAATTA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CAAAACGC`		-	20086981	20086988	-236	-243
	AtREG585	`CAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None