PlantPromoterDB promoter information of AT3G54910.2

Summary of Gene (AT3G54910.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G54910 TAIR NCBI
Gene model	AT3G54910.2
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FBD (InterPro:IPR013596), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box family protein (TAIR:AT4G10400.2); Has 661 Blast hits to 647 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 657; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 20345277-20344078)

`Genome position from initiation codon` `AT3G54910.1 AT3G54910.3 TSS from cDNA TSS information AT3G54910.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G54920.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G54910.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone - 20344799 -522

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	20344799	-522

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 10 + 20345063 AT3G54920.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	10	+	20345063	AT3G54920.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 20345035 AT3G54920.1

TSS clone T clone + 20345082 AT3G54920.1

TSS clone G clone + 20345097 AT3G54920.1

TSS clone A clone + 20345099 AT3G54920.1

TSS clone A clone + 20345100 AT3G54920.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	20345035	AT3G54920.1
TSS clone	`T`	clone	+	20345082	AT3G54920.1
TSS clone	`G`	clone	+	20345097	AT3G54920.1
TSS clone	`A`	clone	+	20345099	AT3G54920.1
TSS clone	`A`	clone	+	20345100	AT3G54920.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCC + 20345015 20345022 AT3G54920.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCC`	+	20345015	20345022	AT3G54920.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GATGGGCCTGGTTATGGGCCTAAC + 20344856 20344879 AT3G54920.1

AtREG403 GATGGGCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 ATGGGCCT    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370   TGGGCCTG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619    GGGCCTGG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG394            TTATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364             TATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358               TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360                GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG535                 GGCCTAAC PPDB Motif PLACE Motif

REG GCCCATTTA + 20344893 20344901 AT3G54920.1

AtREG386 GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGAGGCCCAATAT + 20344954 20344966 AT3G54920.1

AtREG411 AGAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG447 GAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509      CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif