version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G55050.1

Summary of Gene (AT3G55050.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G55050  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G55050.1  
Description serine/threonine protein phosphatase 2C (PP2C6); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: protein amino acid dephosphorylation; LOCATED IN: protein serine/threonine phosphatase complex; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C, manganese/magnesium aspartate binding site (InterPro:IPR000222), Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein phosphatase 2C family protein / PP2C family protein (TAIR:AT3G12620.2); Has 3613 Blast hits to 3612 proteins in 213 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 1244; Fungi - 391; Plants - 1257; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 717 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 20402922-20401723)

Genome position     
from initiation codon
AT3G55050.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G55050.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence



 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G55050.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5-20402445-523

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-20402595-673
TSS cloneTclone-20402422-500

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTTC-2040247920402486-557-564
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAACGCGT-2040251720402524-595-602
 AtREG633AAACGCGT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGATCCAACG-2040254120402548-619-626
 AtREG586ATCCAACG PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
REGCCGTTAAAGTCAA-2040266820402680-746-758
 AtREG610CCGTTAAA      PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG632     AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGAAAGTCAA-2040268220402689-760-767
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.