PlantPromoterDB promoter information of AT3G55050.1

Summary of Gene (AT3G55050.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G55050 TAIR NCBI
Gene model	AT3G55050.1
Description	serine/threonine protein phosphatase 2C (PP2C6); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: protein amino acid dephosphorylation; LOCATED IN: protein serine/threonine phosphatase complex; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C, manganese/magnesium aspartate binding site (InterPro:IPR000222), Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein phosphatase 2C family protein / PP2C family protein (TAIR:AT3G12620.2); Has 3613 Blast hits to 3612 proteins in 213 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 1244; Fungi - 391; Plants - 1257; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 717 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 20402922-20401723)

`Genome position from initiation codon` `AT3G55050.2 TSS from cDNA TSS information AT3G55050.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G55050.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 20402445 -523

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	20402445	-523

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 20402595 -673

TSS clone T clone - 20402422 -500

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	20402595	-673
TSS clone	`T`	clone	-	20402422	-500

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTC - 20402479 20402486 -557 -564

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTC`	-	20402479	20402486	-557	-564
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACGCGT - 20402517 20402524 -595 -602

AtREG633 AAACGCGT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG ATCCAACG - 20402541 20402548 -619 -626

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG CCGTTAAAGTCAA - 20402668 20402680 -746 -758

AtREG610 CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG AAAGTCAA - 20402682 20402689 -760 -767

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACGCGT`		-	20402517	20402524	-595	-602
	AtREG633	`AAACGCGT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`ATCCAACG`		-	20402541	20402548	-619	-626
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`CCGTTAAAGTCAA`		-	20402668	20402680	-746	-758
	AtREG610	`CCGTTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`AAAGTCAA`		-	20402682	20402689	-760	-767
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None