PlantPromoterDB promoter information of AT3G55850.1

Summary of Gene (AT3G55850.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G55850 TAIR NCBI
Gene model	AT3G55850.1
Description	Encodes a product that might regulate nucleo-cytoplasmic trafficking of an intermediate(s) involved in phyA signal transduction. Differs from isoform 2 only in the first few N-terminal amino acids.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 20726489-20725290)

`Genome position from initiation codon` `AT3G55850.2 TSS from cDNA TSS information AT3G55850.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G55850.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 20725540 -51

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	20725540	-51

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 20725540 -51

TSS clone T clone - 20725522 -33

TSS clone T clone - 20725516 -27

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	20725540	-51
TSS clone	`T`	clone	-	20725522	-33
TSS clone	`T`	clone	-	20725516	-27

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTCCGGTTAT - 20725580 20725590 -91 -101

AtREG644 TTTCCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534 TTCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621   TCCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG548    CCGGTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG TTCCGGTTATGACCGGTT - 20725599 20725616 -110 -127

AtREG534 TTCCGGTT           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621 TCCGGTTA          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG548   CCGGTTAT         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG552           GACCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTTAACGG - 20725678 20725685 -189 -196

AtREG610 TTTAACGG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TAACGGGCTTTA - 20725692 20725703 -203 -214

AtREG399 TAACGGGC     PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG365     GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTATTGGGCCTTAA - 20725715 20725728 -226 -239

AtREG417 TTATTGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416       GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGGGACCCA - 20725778 20725787 -289 -298

AtREG406 GTGGGACC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG596 TGGGACCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615   GGGACCCA ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTCCGGTTAT`		-	20725580	20725590	-91	-101
	AtREG644	`TTTCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`TTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG621	`TCCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG548	`CCGGTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`TTCCGGTTATGACCGGTT`		-	20725599	20725616	-110	-127
	AtREG534	`TTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG621	`TCCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG548	`CCGGTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG552	`GACCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTTAACGG`		-	20725678	20725685	-189	-196
	AtREG610	`TTTAACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`TAACGGGCTTTA`		-	20725692	20725703	-203	-214
	AtREG399	`TAACGGGC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTATTGGGCCTTAA`		-	20725715	20725728	-226	-239
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG416	`GGCCTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTGGGACCCA`		-	20725778	20725787	-289	-298
	AtREG406	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG596	`TGGGACCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG615	`GGGACCCA`	ABA	PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None