PlantPromoterDB promoter information of AT3G56030.1

Summary of Gene (AT3G56030.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G56030 TAIR NCBI
Gene model	AT3G56030.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein (TAIR:AT2G40240.1); Has 6707 Blast hits to 2251 proteins in 74 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 57; Fungi - 13; Plants - 6562; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 75 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 20790259-20791458)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G56030.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G56020.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G56030.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 20791258 -1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	20791258	-1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCCTAGA + 20791121 20791128 -138 -131

AtREG658 ACCCTAGA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG ATATTGGGCCTTTAAGGCCCATCT + 20791164 20791187 -95 -72

AtREG509 ATATTGGG                 PPDB Motif PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359      GGGCCTTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467       GGCCTTTA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639        GCCTTTAA          PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG416            TTAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351             TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353     TGGGCCTT AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354               AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403                GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG572                 GCCCATCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCCAATAA + 20791207 20791216 -52 -43

AtREG402 AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355 GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417   CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCCTAGA`		+	20791121	20791128	-138	-131
	AtREG658	`ACCCTAGA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`ATATTGGGCCTTTAAGGCCCATCT`		+	20791164	20791187	-95	-72
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`TGGGCCTT AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG403	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG572	`GCCCATCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGCCCAATAA`		+	20791207	20791216	-52	-43
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 20791072 AT3G56020.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	20791072	AT3G56020.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 20791074 AT3G56020.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	20791074	AT3G56020.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AATATATATACC - 20791103 20791114 AT3G56020.1

Y Patch TCTCTCTC - 20791076 20791083 AT3G56020.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AATATATATACC`	-	20791103	20791114	AT3G56020.1
Y Patch	`TCTCTCTC`	-	20791076	20791083	AT3G56020.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCTAGGGT - 20791121 20791128 AT3G56020.1

AtREG658 TCTAGGGT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG AGATGGGCCTTAAAGGCCCAATAT - 20791164 20791187 AT3G56020.1

AtREG572 AGATGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403 GATGGGCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416      GGCCTTAA            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639          TTAAAGGC        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467           TAAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359            AAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353    TGGGCCTT AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356              AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352               GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355                GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509                 CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATTGGGCT - 20791207 20791216 AT3G56020.1

AtREG417 TTATTGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY