PlantPromoterDB promoter information of AT3G56750.1

Summary of Gene (AT3G56750.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G56750 TAIR NCBI
Gene model	AT3G56750.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: Golgi apparatus; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G41150.2); Has 71 Blast hits to 71 proteins in 10 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 64; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21021192-21019993)

`Genome position from initiation codon` `AT3G56760.1 TSS from cDNA TSS information AT3G56750.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G56750.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 15 - 21020414 -222

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	15	-	21020414	-222

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 21020431 -239

TSS clone A clone - 21020414 -222

TSS clone G clone - 21020413 -221

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	21020431	-239
TSS clone	`A`	clone	-	21020414	-222
TSS clone	`G`	clone	-	21020413	-221

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCGGTTCGGTTTAATTAAACCGGTTTG - 21020471 21020497 -279 -305

AtREG575 TCGGTTCG                    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456 CGGTTCGG                   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451   GGTTCGGT                  PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556    GTTCGGTT                 PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568     TTCGGTTT                PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514      TCGGTTTA               PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473       CGGTTTAATTAAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412                TAAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436                 AAACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496                    CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ACGGCGTC - 21020688 21020695 -496 -503

AtREG540 ACGGCGTC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCGGTTCGGTTTAATTAAACCGGTTTG`		-	21020471	21020497	-279	-305
	AtREG575	`TCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG456	`CGGTTCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`GGTTCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG556	`GTTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAATTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ACGGCGTC`		-	21020688	21020695	-496	-503
	AtREG540	`ACGGCGTC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None