PlantPromoterDB promoter information of AT3G56820.1

Summary of Gene (AT3G56820.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G56820 TAIR NCBI
Gene model	AT3G56820.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 21 Blast hits to 21 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 14; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21042711-21041512)

`Genome position from initiation codon` `AT3G56825 AT3G56825.1 AT3G56830.1 AT3G56830.2 AT3G56830.3 TSS from cDNA TSS information AT3G56820.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G56820.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 21041745 -34

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	21041745	-34

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 21041744 -33

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	21041744	-33

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ACTCTATAAAAC - 21041771 21041782 -60 -71

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ACTCTATAAAAC`	-	21041771	21041782	-60	-71
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGGGCTTT - 21041869 21041876 -158 -165

AtREG376 TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAAGCCCACTA - 21041892 21041902 -181 -191

AtREG376 AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 AAGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510   AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG532    GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGTGGGCCATCGGCCCACA - 21041930 21041948 -219 -237

AtREG437   TGGGCCAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555         ATCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393          TCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG612 TGTGGGCC   GGCCCACA DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GGCCTTTT - 21041997 21042004 -286 -293

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TGAGCCCATTG - 21042024 21042034 -313 -323

AtREG485 TGAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG551    GCCCATTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGGGCTTT`		-	21041869	21041876	-158	-165
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAAGCCCACTA`		-	21041892	21041902	-181	-191
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG532	`GCCCACTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGTGGGCCATCGGCCCACA`		-	21041930	21041948	-219	-237
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`ATCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG393	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG612	`TGTGGGCC GGCCCACA`	DREB1Aox	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GGCCTTTT`		-	21041997	21042004	-286	-293
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TGAGCCCATTG`		-	21042024	21042034	-313	-323
	AtREG485	`TGAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG551	`GCCCATTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None