PlantPromoterDB promoter information of AT3G56990.1

Summary of Gene (AT3G56990.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G56990 TAIR NCBI
Gene model	AT3G56990.1
Description	embryo sac development arrest 7 (EDA7); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: megagametogenesis; LOCATED IN: nucleolus, CUL4 RING ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), NUC153 (InterPro:IPR012580), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40/YVTN repeat-like (InterPro:IPR015943); Has 3435 Blast hits to 2597 proteins in 327 species: Archae - 0; Bacteria - 215; Metazoa - 1552; Fungi - 648; Plants - 432; Viruses - 52; Other Eukaryotes - 536 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21092976-21091777)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G56990.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G57000.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G56990.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 21092094 -118

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	21092094	-118

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 21092056 -80

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	21092056	-80

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAGGCCCAGA - 21092174 21092185 -198 -209

AtREG459 AAAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG410    AGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG397     GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AATAGGCCCATTAAG - 21092199 21092213 -223 -237

AtREG424 AATAGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362 ATAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396       CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604        CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG GGGCTTAT - 21092222 21092229 -246 -253

AtREG462 GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCGTTTT - 21092280 21092287 -304 -311

AtREG650 GGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAGGCCCAGA`		-	21092174	21092185	-198	-209
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG410	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG397	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`AATAGGCCCATTAAG`		-	21092199	21092213	-223	-237
	AtREG424	`AATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`GGGCTTAT`		-	21092222	21092229	-246	-253
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCGTTTT`		-	21092280	21092287	-304	-311
	AtREG650	`GGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 21092306 AT3G57000.1

TSS peak A 4 + 21092319 AT3G57000.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	21092306	AT3G57000.1
TSS peak	`A`	4	+	21092319	AT3G57000.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 21092328 AT3G57000.1

TSS clone G clone + 21092349 AT3G57000.1

TSS clone C clone + 21092350 AT3G57000.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	21092328	AT3G57000.1
TSS clone	`G`	clone	+	21092349	AT3G57000.1
TSS clone	`C`	clone	+	21092350	AT3G57000.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCTGGGCCTTTT + 21092174 21092185 AT3G57000.1

AtREG397 TCTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG410 CTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359    GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459     GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTAATGGGCCTATT + 21092199 21092213 AT3G57000.1

AtREG604 CTTAATGG        PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361    AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354     ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358      TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362       GGGCCTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG424        GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAGCCC + 21092222 21092229 AT3G57000.1

AtREG462 ATAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif