PlantPromoterDB promoter information of AT3G57180.1

Summary of Gene (AT3G57180.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G57180 TAIR NCBI
Gene model	AT3G57180.1
Description	GTP binding; FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G10620.1); Has 5284 Blast hits to 3257 proteins in 509 species: Archae - 66; Bacteria - 599; Metazoa - 2425; Fungi - 533; Plants - 173; Viruses - 94; Other Eukaryotes - 1394 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21163956-21162757)

`Genome position from initiation codon` `AT3G57170.1 TSS from cDNA TSS information AT3G57180.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G57180.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 21166030 -24

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	21166030	-24

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTC - 21167016 21167023 -1010 -1017

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTC`	-	21167016	21167023	-1010	-1017
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATTG - 21167078 21167085 -1072 -1079

AtREG647 CCCAATTG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATTG`		-	21167078	21167085	-1072	-1079
	AtREG647	`CCCAATTG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 21163190 AT3G57170.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	21163190	AT3G57170.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTC - 21163174 21163181 AT3G57170.1

Y Patch TCTCTTCC - 21163216 21163223 AT3G57170.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTC`	-	21163174	21163181	AT3G57170.1
Y Patch	`TCTCTTCC`	-	21163216	21163223	AT3G57170.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAAGCCCGGCCCATA - 21163238 21163253 AT3G57170.1

AtREG409 AAAAGCCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG404      CCCGGCCC    CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG457       CCGGCCCA   CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380        CGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364         GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY