PlantPromoterDB promoter information of AT3G57470.1

Summary of Gene (AT3G57470.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G57470 TAIR NCBI
Gene model	AT3G57470.1
Description	peptidase M16 family protein / insulinase family protein; FUNCTIONS IN: metalloendopeptidase activity, zinc ion binding, catalytic activity, metal ion binding; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M16, C-terminal (InterPro:IPR007863), Peptidase M16, N-terminal (InterPro:IPR011765), Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding (InterPro:IPR011249), Peptidase M16, core (InterPro:IPR011237); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peptidase M16 family protein / insulinase family protein (TAIR:AT2G41790.1); Has 1962 Blast hits to 1906 proteins in 499 species: Archae - 0; Bacteria - 815; Metazoa - 327; Fungi - 126; Plants - 77; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 617 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21276400-21275201)

`Genome position from initiation codon` `AT3G57470.2 TSS from cDNA TSS information AT3G57470.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G57470.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 21275943 -543

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	21275943	-543

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 21276013 -613

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	21276013	-613

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTT - 21275970 21275978 -570 -578

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTT`	-	21275970	21275978	-570	-578
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGTTGGAT - 21276070 21276078 -670 -678

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG TTGACTTT - 21276084 21276091 -684 -691

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG CCGTTGGAT - 21276121 21276129 -721 -729

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG ACCACGTGGGCTAA - 21276154 21276167 -754 -767

AtREG544 ACCACGTG       ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG464   CACGTGGG     ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG571       TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGTTGGAT`		-	21276070	21276078	-670	-678
	AtREG554	`CCGTTGGA`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG586	`CGTTGGAT`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		-	21276084	21276091	-684	-691
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`CCGTTGGAT`		-	21276121	21276129	-721	-729
	AtREG554	`CCGTTGGA`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG586	`CGTTGGAT`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`ACCACGTGGGCTAA`		-	21276154	21276167	-754	-767
	AtREG544	`ACCACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG464	`CACGTGGG`	ABA, Auxin, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG571	`TGGGCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None