PlantPromoterDB promoter information of AT3G57900.1

Summary of Gene (AT3G57900.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G57900 TAIR NCBI
Gene model	AT3G57900.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: epidermis; Has 12 Blast hits to 12 proteins in 3 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 12; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21443574-21442375)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G57900.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G57910.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G57900.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGGCTTTAATTAGGCCCAATAA - 21442681 21442707 -107 -133

AtREG396 TTAATGGG                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545       GGCTTTAA              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG506              ATTAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360               TTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358                TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                 AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                  GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355                   GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417                    CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAAGCCCA - 21442797 21442804 -223 -230

AtREG525 CAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGGCTTTAATTAGGCCCAATAA`		-	21442681	21442707	-107	-133
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAAGCCCA`		-	21442797	21442804	-223	-230
	AtREG525	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 21442770 AT3G57910.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	21442770	AT3G57910.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCCTCTC + 21442736 21442745 AT3G57910.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCCTCTC`	+	21442736	21442745	AT3G57910.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTATTGGGCCTAATTAAAGCCCATTAA + 21442681 21442707 AT3G57910.1

AtREG417 TTATTGGG                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506       GGCCTAAT              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG545              TTAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365               TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376                AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378                 AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372                  AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357                   GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396                    CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG