version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G58670

Summary of Gene (AT3G58670)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G58670  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G58670  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1637 (InterPro:IPR012864); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G42670.1); Has 238 Blast hits to 238 proteins in 70 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 84; Fungi - 0; Plants - 127; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 27 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21712214-21711015)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G58670                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G58690.1         
AT3G58700.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G58670

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-21706079-765
TSS clone peakCclone-21706055-741

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA13+21711578AT3G58700.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+21711570AT3G58700.1
TSS cloneTclone+21711607AT3G58700.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCTT+2171160021711608AT3G58700.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTATGGGCTA+2171138421711392AT3G58700.1
 AtREG477TATGGGCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG581 ATGGGCTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTTATTGGGCCAAT+2171139721711409AT3G58700.1
 AtREG417TTATTGGG      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420   TTGGGCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG484    TGGGCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG446     GGGCCAATCK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGGTCACGTG+2171146821711475AT3G58700.1
 AtREG583GTCACGTG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
REGGTGGGCTTG+2171148321711491AT3G58700.1
 AtREG518GTGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG525 TGGGCTTG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGCGTCATTT+2171151321711520AT3G58700.1
 AtREG657CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.