PlantPromoterDB promoter information of AT3G58680.1

Summary of Gene (AT3G58680.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G58680 TAIR NCBI
Gene model	AT3G58680.1
Description	One of three genes in A. thaliana encoding multiprotein bridging factor 1, a highly conserved transcriptional coactivator. May serve as a bridging factor between a bZIP factor and TBP. Its expression is developmentally regulated.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21706367-21707566)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G58680.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G58676.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G58680.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 28 + 21707276 -91

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	28	+	21707276	-91

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 21707276 -91

TSS clone T clone + 21707277 -90

TSS clone T clone + 21707285 -82

TSS clone T clone + 21707306 -61

TSS clone T clone + 21707309 -58

TSS clone A clone + 21707334 -33

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	21707276	-91
TSS clone	`T`	clone	+	21707277	-90
TSS clone	`T`	clone	+	21707285	-82
TSS clone	`T`	clone	+	21707306	-61
TSS clone	`T`	clone	+	21707309	-58
TSS clone	`A`	clone	+	21707334	-33

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AATATAAAAT + 21707242 21707251 -125 -116

Y Patch TCTCTCTCTCAT + 21707285 21707296 -82 -71

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AATATAAAAT`	+	21707242	21707251	-125	-116
Y Patch	`TCTCTCTCTCAT`	+	21707285	21707296	-82	-71
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGACATCG + 21707003 21707010 -364 -357

AtREG630 CGACATCG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTTGGGCCAA + 21707099 21707109 -268 -258

AtREG421 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GATGGGCCCT + 21707186 21707195 -181 -172

AtREG403 GATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391 ATGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG400   TGGGCCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGACATCG`		+	21707003	21707010	-364	-357
	AtREG630	`CGACATCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCAA`		+	21707099	21707109	-268	-258
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GATGGGCCCT`		+	21707186	21707195	-181	-172
	AtREG403	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG400	`TGGGCCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None