PlantPromoterDB promoter information of AT3G58990

Summary of Gene (AT3G58990)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G58990 TAIR NCBI
Gene model	AT3G58990
Description	aconitase C-terminal domain-containing protein; FUNCTIONS IN: hydro-lyase activity, 3-isopropylmalate dehydratase activity; INVOLVED IN: leucine biosynthetic process, metabolic process; LOCATED IN: 3-isopropylmalate dehydratase complex, chloroplast; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 3-isopropylmalate dehydratase, small subunit (InterPro:IPR012305), Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel (InterPro:IPR000573), Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel (InterPro:IPR015928), Aconitase-like core (InterPro:IPR015937); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aconitase C-terminal domain-containing protein (TAIR:AT2G43090.1); Has 6188 Blast hits to 6188 proteins in 1286 species: Archae - 227; Bacteria - 3055; Metazoa - 1; Fungi - 250; Plants - 45; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2610 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21799285-21798086)

`Genome position from initiation codon` `AT3G58990.1 TSS from cDNA TSS information AT3G58990 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G59000.1 AT3G59000.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G58990

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 21798305 -20

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	21798305	-20

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 21798303 -18

TSS clone A clone - 21798301 -16

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	21798303	-18
TSS clone	`A`	clone	-	21798301	-16

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTCTATAAATG - 21798328 21798339 -43 -54

Y Patch TTCCCTCT - 21798335 21798342 -50 -57

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTCTATAAATG`	-	21798328	21798339	-43	-54
Y Patch	`TTCCCTCT`	-	21798335	21798342	-50	-57
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTAATTA - 21798360 21798367 -75 -82

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCGTTTT - 21798388 21798395 -103 -110

AtREG650 GGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GTCCACGT - 21798452 21798459 -167 -174

AtREG513 GTCCACGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTAATTA`		-	21798360	21798367	-75	-82
	AtREG646	`CGTAATTA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCGTTTT`		-	21798388	21798395	-103	-110
	AtREG650	`GGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`GTCCACGT`		-	21798452	21798459	-167	-174
	AtREG513	`GTCCACGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None