version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G59310.1

Summary of Gene (AT3G59310.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G59310  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G59310.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF914, eukaryotic (InterPro:IPR009262); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G59340.1); Has 460 Blast hits to 457 proteins in 122 species: Archae - 2; Bacteria - 50; Metazoa - 132; Fungi - 70; Plants - 71; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 135 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21931963-21930764)

Genome position     
from initiation codon
AT3G59340.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G59310.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G59310.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-21924454-141

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-21924329-16

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-21931550AT3G59340.1
TSS peakA4-21931034AT3G59340.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-21931570AT3G59340.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCTTCT-2193103721931044AT3G59340.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTGTCACGTGTTTCCACGT-2193162121931638AT3G59340.1
 AtREG606TGTCACGT          ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG583 GTCACGTG          PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
 AtREG628  TCACGTGT        DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG590   CACGTGTT       ABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG627          TTCCACGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGTATAGGCCCATAA-2193170221931714AT3G59340.1
 AtREG487TATAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG362 ATAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354   AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364    GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG394     GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGAGCCCAATAAAGCC-2193172721931741AT3G59340.1
 AtREG533GAGCCCAA        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402 AGCCCAAT       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355  GCCCAATA      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417   CCCAATAA     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG601       ATAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGCTTTTA-2193175321931760AT3G59340.1
 AtREG549GGCTTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.