PlantPromoterDB promoter information of AT3G59310.1

Summary of Gene (AT3G59310.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G59310 TAIR NCBI
Gene model	AT3G59310.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF914, eukaryotic (InterPro:IPR009262); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G59340.1); Has 460 Blast hits to 457 proteins in 122 species: Archae - 2; Bacteria - 50; Metazoa - 132; Fungi - 70; Plants - 71; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 135 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21932563-21931364)

`Genome position from initiation codon` `AT3G59340.1 TSS from cDNA TSS information AT3G59310.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G59350.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G59310.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 21924454 -141

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	21924454	-141

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 21924329 -16

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	21924329	-16

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 21931550 AT3G59340.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	21931550	AT3G59340.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 21931570 AT3G59340.1

TSS clone G clone + 21932526 AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3

TSS clone T clone + 21932527 AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3

TSS clone A clone + 21932534 AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	21931570	AT3G59340.1
TSS clone	`G`	clone	+	21932526	AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS clone	`T`	clone	+	21932527	AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS clone	`A`	clone	+	21932534	AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGTCACGTGTTTCCACGT - 21931621 21931638 AT3G59340.1

AtREG606 TGTCACGT           ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG583 GTCACGTG          PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG628   TCACGTGT         DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG590    CACGTGTT        ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG627           TTCCACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TATAGGCCCATAA - 21931702 21931714 AT3G59340.1

AtREG487 TATAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362 ATAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364     GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394      GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAGCCCAATAAAGCC - 21931727 21931741 AT3G59340.1

AtREG533 GAGCCCAA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402 AGCCCAAT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355   GCCCAATA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417    CCCAATAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601        ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCTTTTA - 21931753 21931760 AT3G59340.1

AtREG549 GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif