version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G59310.1

Summary of Gene (AT3G59310.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G59310  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G59310.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF914, eukaryotic (InterPro:IPR009262); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G59340.1); Has 460 Blast hits to 457 proteins in 122 species: Archae - 2; Bacteria - 50; Metazoa - 132; Fungi - 70; Plants - 71; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 135 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 21933313-21932114)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G59310.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G59350.1         
AT3G59350.2         
AT3G59350.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G59310.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-21924454-141

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-21924329-16

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8+21932811AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+21932526AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS cloneTclone+21932527AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS cloneAclone+21932534AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS cloneCclone+21932611AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS cloneTclone+21932685AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS cloneAclone+21932712AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS cloneTclone+21932713AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS cloneGclone+21932821AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS cloneCclone+21932863AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3
TSS cloneGclone+21932870AT3G59350.1, AT3G59350.2, AT3G59350.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.